La petite ville ainsi que le Fort de Samaipata sont situés à 120 km (3 heures) au sud-ouest de Santa Cruz, à 1650 mètres d’altitude, pas loin du parc national Amboró. Ce site archéologique était occupé par divers groupes ethniques dont des civilisations amazoniennes et les Incas, avant l’arrivée des Espagnols dans les années 1600. « El Fuerte » (le fort) de Samaipata comprend deux éléments : la colline avec des nombreuses gravures qui semble avoir constitué le centre cérémoniel. La zone au sud de la colline formait le quartier administratif et résidentiel. Il faut compter au minimum deux heures pour la visite du site qui attire des visiteurs du monde entier, aussi par sa supposée énergie mystique. En cours de route depuis Santa Cruz, plusieurs lieux méritent d'être visités : Bermejo, avec El Portón del Diablo ainsi que la Laguna Volcán, la magnifique région de Los Volcanes ainsi que les deux cascades de Cuevas. Au lieu de n’en faire qu’une excursion d’une journée, Samaipata peut être une première étape de circuit pour visiter le parc national Amboró ou suivre la "Route du Ché".
El Fuerte, site archéologique incontournable inscrit au patrimoine mondial de l’Unesco en 1998.